Pamiatka, ktorá nemala veľký vojenský význam, sa v novembri 1993 okolo desiatej ráno po ťažkom ostreľovaní zrútila do vĺn.
Už krátko po zničení mosta sa objavili úvahy o jeho obnove, skutočné plány ale museli počkať až na dobu po skončení vojny.
Znovupostavený Stari most bol slávnostne otvorený pred 20 rokmi, 23. júla 2004.
Stavba, ktorá dala mestu meno a ktorej oblúk sa týčil do výšky 25 metrov nad hladinou rieky, pritom prežila mnoho vojen, ktoré sa počas vekov prehnali Balkánom.
Aj nemecké jednotky ustupujúce na sklonku druhej svetovej vojny cez mesto síce Stari most podmínovali, ale nakoniec ho nechali stáť.
Až občianska vojna, ktorá do Mostaru a okolia vtrhla na jar 1992, sa stala tamojšiemu mostu a s ním aj starému mestu vrátane presláveného bazáru zvaného Kujundžiluk osudnou.
Okolo Mostaru sprvu bojovali Chorváti, obývajúci najmä západný breh rieky, spoločne s Moslimami z východného brehu proti srbským jednotkám.
Na jar 1993 ale obrátili niekdajší spojenci zbrane proti sebe.
Boje a delostrelecké bombardovanie sa nevyhli ani centru, Stari most ale sprvu ostreľovaniu unikal.
Zostával pritom poslednou spojnicou medzi oboma brehmi Neretvy, ostatné totiž odpálili pred svojím ústupom vojaci Juhoslovanskej národnej armády.
Nakoniec ale delostrelecké granáty začali lietať aj na Starom moste.
O dôvodoch ostreľovania sa dodnes špekuluje – niektorým Chorvátom snáď pripomínal tureckú porobu, Moslimovia vraj po ňom navyše dopravovali zbrane či vodu.
Nie je ani jasné, kto dal rozkaz na zničenie mosta, najčastejšie je zmieňovaný veliteľ herogovských Chorvátov Slobodan Praljak.
Toho v roku 2013 Medzinárodný trestný tribunál pre bývalú Juhosláviu neprávoplatne odsúdil za vojnové zločiny na 20 rokov, pričom spomenul aj zničenie mosta.
Praljak, ktorý v novembri 2017 počas odvolacieho konania spáchal priamo v súdnej sieni samovraždu, v obhajobe tvrdil, že zrútenie mosta zinscenovala moslimská strana, nebol to ale schopný nijako doložiť.
Chorvátska delostreľba navyše trvala niekoľko dní, počas ktorých sa nádherný kamenný oblúk postupne menil v ruine, kým mu posledný granát zasadil poslednú ranu.
Jedným z paradoxov bosnianskeho konfliktu je, že podľa niektorých zdrojov bol tým, kto vypálil tri osudné strely, Moslim v chorvátskej armáde.
Už krátko po zničení mosta sa objavili úvahy o jeho obnove, skutočné plány ale museli počkať až na dobu po skončení vojny; cez Neretvu viedol aspoň provizórny lanový most.
Boje medzi Moslimami a Chorvátmi utíchli v lete 1994, práce na obnove mosta sa ale začali až o tri roky neskôr.
Z viac ako polovice boli použité pôvodné kamenné bloky, ktoré vylovili zo dna Neretvy v decembri 1997 vojaci medzinárodných síl, chýbajúce diely vylámali v rovnakom kameňolome, odkiaľ pochádzal aj pôvodný materiál.
So samotnou rekonštrukciou začala turecká spoločnosť Erbu, špecializujúca sa na mosty z osmanských čias, v júni 2001 a o tri roky neskôr bol položený posledný kameň vznešeného mostného oblúka.
Rekonštrukcia prišla na zhruba 15 miliónov eur (vtedy asi 450 miliónov korún) a slávnostného znovuotvorenia mosta sa v júli 2004 zúčastnili viacerí politici a štátnici z celého sveta vrátane následníka britského trónu princa Charlesa (dnes kráľ Karol III.) alebo generálneho tajomníka organizácie UNESCO Koičira Macuuru.
Nádej, že obnovením mosta sa ako mávnutím čarovného prútika stratí napätie medzi mostarskými Chorvátmi a Moslimami, sa ale nesplnili.
Mesto sa síce za posledné roky pomaly spamätalo z najhoršieho a postupne láka čoraz viac turistov, nielen v centre sú ale dodnes viditeľné stopy bojov a politická scéna zostáva znesvárená.
Obe komunity tak zostávajú až na výnimky oddelené riekou Neretvou, ktorá Mostárom preteká od severu k juhu.