Knižnicu uzavreli v roku 2007. Prešla nákladnou opravou, ktorá stála v prepočte takmer 9 miliónov eur. Okrem stavebných úprav nádhernej haly so stropnými freskami tiež čistili a registrovali všetky knihy.
Knižnicu založil v polovici 15. storočia pápež Mikuláš V. s 350 latinskými spismi. Ešte za jeho života sa zbierka rozrástla na 1500 diel a stala sa najväčšou v Európe. V jej zbierkach je teraz najstarší známy ucelený výtlačok biblie. Pochádza z obdobia okolo roku 325 a je to zrejme jedna z 50 biblií, ktoré si objednal cisár Konštantín.
Knižnicu zatvorili v lete 2007 a jej opravu dokončili podľa pôvodného harmonogramu. Zákaz vstupu znamenal tiež pozastavenie mnohých vedeckých projektov.
Na štúdium zväzkov vatikánskej knižnice dostáva každý rok povolenie asi 5000 ľudí, väčšina z nich na základe postgraduálneho vedeckého štúdia. Pre prácu v študovni platia prísne pravidlá: dovnútra sa nedá prísť s perom, jedlom ani minerálnou vodou.
Zväzky sú uložené v protilietadlovom protipožiarnom bunkri, do ktorého nepreniká prach. Pre vstup do klimatizovanej študovne vybudovali novú vežu.
Súčasťou rekonštrukcie boli aj nové bezpečnostné opatrenia. Okrem toho, že knihy sú vybavené počítačovými čipmi, v študovni sú kamery a prichádzajúci ľudia prechádzajú pri vstupe aj odchode cez turnikety.
Vedenie knižnice sa pre moderné zabezpečenie rozhodlo po incidente, pri ktorom profesor dejín z Ohajskej štátnej univerzity Anthony Melnikas v roku 1987 vyniesol z knižnice vytrhnuté stránky zo spisu pochádzajúceho zo 14. storočia a patriaceho kedysi básnikovi Franciskovi Petrarkovi. Melnikas sa k činu priznal a v roku 1996 ho odsúdili na 14 mesiacov väzenia.
Vatikánska knižnica má dnes celkom 150 000 rukopisov, ale nie do všetkých sa dá nahliadnuť. V jej susedstve je vatikánsky tajný archív, obsahujúci vatikánsku korešpondenciu a dokumenty vzťahujúce sa k pápežom.