Historické zmienky o ochrane jeho územia siahajú do roku 1925, keď bola Jasovská jaskyňa vyhlásená za prírodnú rezerváciu. Účinnejšiu ochranu hodnôt unikátnej oblasti Slovenského krasu zabezpečila vyhláška ministerstva kultúry, ktorou sa 31. augusta 1973 stal chránenou krajinnou oblasťou. Vďaka svojmu výnimočnému prírodnému bohatstvu bol nariadením vlády Slovenskej republiky s platnosťou od 1. marca 2002 vyhlásený za národný park.
Územie Slovenského krasu má výmeru 34.611 hektárov. Tvorí ho sedem planín, pričom od západu na východ sú to Koniarska, Plešivská, Silická planina, Horný a Dolný vrch, Zádielska a Jasovská planina. Sú pokryté množstvom škrapov, závrtov, vyvieračiek, tiesňav, kaňonov, a taktiež sa na nich rozprestiera vyše 1350 jaskýň a priepastí.
Oblasť Slovenského krasu bola 1. marca 1977 ako prvá na Slovensku zapísaná do medzinárodnej siete biosférických rezervácií v rámci programu UNESCO Človek a biosféra. Počas zasadnutia Výboru svetového dedičstva v Berlíne v decembri 1995 sa jaskyne Slovenského krasu a priľahlého Aggteleckého krasu v Maďarsku stali súčasťou zoznamu svetového kultúrneho a prírodného dedičstva UNESCO.
Najznámejšou a najdlhšou jaskyňou v Slovenskom krase je Domica prepojená s jaskyňou Čertova diera. Spolu dosahujú dĺžku 5368 metrov. Domica tvorí unikátny komplex s jaskyňou Baradla v Maďarsku. Zaujímavosťou je, že v Slovenskom krase sa nachádza aj najnižšie položená ľadová jaskyňa na svete, ktorou je Silická ľadnica. Rozprestiera sa v nadmorskej výške 503 metrov. V súčasnosti návštevníkov najviac lákajú sprístupnené jaskyne ako spomínaná Domica či Gombasecká, Jasovská a Krásnohorská jaskyňa.
Národný park Slovenský kras je najvýznamnejším územím zimného, ako aj letného výskytu netopierov na Slovensku. Ich celková početnosť v rámci jednotlivých sezón sa pohybuje v rozmedzí 60 000 až 75 000 jedincov. Súčasťou Slovenského krasu sú aj osobitne chránené územia, ktoré tvorí 10 národných prírodných rezervácií, 6 prírodných rezervácií a 16 národných prírodných pamiatok.